Για την απόκτηση Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) ο φοιτητής υποχρεούται να παρακολουθήσει με επιτυχή επίδοση τουλάχιστον έξι (6) μαθήματα και να εκπονήσει μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία. Το σύνολο των πιστωτικών μονάδων που απαιτούνται για τη λήψη του Δ.Μ.Σ. είναι ενενήντα (90). Ο ανώτατος αριθμός μαθημάτων στα οποία μπορεί να εγγραφεί κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής ανά εξάμηνο ορίζεται σε τρία (3) και ο ελάχιστος σε δύο (2). Η εγγραφή για την εκπόνηση της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας δύναται να πραγματοποιηθεί  με την εγγραφή του μεταπτυχιακού φοιτητή στο  Δ.Π.Μ.Σ. 

Κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής υποχρεούται να εκπονήσει μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία, την οποία, εφόσον αυτή θεωρηθεί πλήρης από τον επιβλέποντα καθηγητή, οφείλει να  υποστηρίξει ανοικτά επιτυχώς ενώπιον τριμελούς επιτροπής στο Πολυτεχνείο Κρήτης. Μεταπτυχιακές Διπλωματικές Εργασίες, πλην των συνθετικών, γίνονται αποδεκτές προς υποστήριξη αφού έχει συγγραφεί και κατατεθεί σχετικό ερευνητικό άρθρο για παρουσίαση σε διεθνές επιστημονικό συνέδριο ή για δημοσίευση σε διεθνές επιστημονικό περιοδικό. Επιβλέποντες καθηγητές ορίζονται από την Ε.Δ.Ε., μετά από σχετική αίτηση του φοιτητή το αργότερο μέχρι το πέρας του δευτέρου εξαμήνου φοίτησής του, μέλη ΔΕΠ ή ερευνητές που συμμετέχουν και διδάσκουν στο μεταπτυχιακό πρόγραμμα. 

Ο μεταπτυχιακός φοιτητής υποχρεούται να συμμετάσχει επίσης στις υπόλοιπες εκπαιδευτικές και ερευνητικές δραστηριότητες του Προγράμματος Σπουδών.